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Actualité - 12.12.2022

La génomique avance et passe un nouveau cap

C’est une nouvelle étape dans les offres mises à la disposition des éleveurs et investisseurs pour mesurer la sélection de leur(s) représentant(s). Les recherches en génomique ont permis, grâce à l’étude GénoTrot, de documenter de manière totalement inédite les caractères génétiques des trotteurs qui favorisent plus ou moins leur niveau de performance. Les résultats de ces travaux avaient notamment été largement exposés et relayés lors des Assises de l’élevage en avril dernier grâce aux interventions de la chercheuse Anne Ricard et d’Arnaud Duluard, vétérinaire conseil et chef du Département Élevage et Santé Animale de LeTROT. L’étape qui s’ouvre cette fois est l’utilisation concrète et pratique de ces recherches. À partir des données publiques qui en découlent, la société Equibiogènes a développé de nouveaux outils génomiques d’aide à la décision. Explications avec Claude Guégan, le créateur d’Equibiogènes.

Les travaux en génomique sont des domaines de recherches importants et déjà relativement anciens dans certains secteurs d’élevage, comme les filières bovines et porcines. L’identification et la caractérisation des gènes influents pour la production laitière (en qualité de lait et en volume) ou de viande sont devenues des outils de décision du quotidien pour les acteurs de ces filières. L’étude GénoTrot, conduite sous l’égide de LeTROT par l’INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’alimentation et la Recherche) et l’IFCE (Institut Français du Cheval et de l’Equitation), a livré une première salve de données en 2021 (lire notre édition du 20 mars). Pionner dans le domaine de la génomique équine appliquée au Trotteur, Equibiogènes s’est déjà fait connaître en commercialisant un service (SynchroGait) sur le premier gène important identifié pour la performance trotteuse, le DMRT3. La société a depuis travaillé sur les données et avancées produites par GénoTrot pour proposer de nouveaux outils de sélection génomique du Trotteur Français.

Le contexte des travaux de recherche appliquée entrepris par Equibiogènes
Conduit par la chercheuse en génétique équine à l’IFCE Anne Ricard, le projet GénoTrot a mis des contenus sur le génome du Trotteur Français sur la place publique pour des recherches appliquées par les intervenants privés. C’est de ce cadre que la société Equibiogènes est intervenue. Son créateur et directeur Claude Guégan explique le contexte de ses travaux : "Ni LeTROT, ni l’INRAE n’a vocation à mettre un produit de service sur la génomique sur le marché. Ils ont des datas publiées qui ne peuvent être confisquées à titre personnel par des sociétés privées ou faire l’objet de brevets par exemple. Mais chacun peut travailler sur ces données pour développer ses propres services. C’est ce que j’ai fait avec Equibiogènes."

24H au Trot.- Que propose Equibiogènes de nouveau dans le domaine de la génomique ?
Claude Guégan.- L’objectif était de créer un outil pour aider les éleveurs, propriétaires, investisseurs à mieux connaître les aptitudes génétiques de leurs chevaux au trot. Tout cela pour les aider à mieux les sélectionner. C’est en quelque sorte un outil supplémentaire d’aide à la décision. Aujourd’hui, on juge un cheval sur son modèle, ses allures et sur son pedigree. Ce dernier nous donne son père et sa mère mais il ne renseigne pas sur la combinaison des gènes – et donc leur qualité – qu’ont transmise les parents. La génomique permet d’aller visualiser quels gènes ont été transmis. Et donc de savoir si un sujet a reçu tel ou tel gène favorable de son père et/ou de sa mère.

Vous ouvrez en quelque sorte la boîte noire des gènes effectivement présents dans le capital génétique d’un cheval ?
Exactement, on ouvre le moteur. Si on prend l’exemple de la cuisine, un cuisinier, pour bien travailler, doit connaître la qualité des ingrédients dont il dispose. C’est la même chose avec l’entraîneur qui travaille les chevaux. Il vaut mieux connaître leurs qualités génétiques. La recette s’apparente à la méthode et aux techniques d’entraînement alors que la génomique informe sur la qualité des ingrédients. Tout notre travail a consisté à synthétiser les recherches en génomique qui mettent en lumière des millions de combinaisons possibles sous forme d’index prêts à l’emploi pour les éleveurs et tout ceux qui veulent mieux connaître le capital génétique favorable au trot d’un cheval.






Comment avez-vous procédé pour proposer aujourd’hui votre nouvel outil ?
Lors des travaux présentés aux Assises de l’Elevage en avril dernier sur l’étude Génotrot, par Anne Ricard et Arnaud Duluard, il a été mis en avant 34 marqueurs génétiques importants et discriminants pour les trotteurs. Ces marqueurs génétiques sont importants tant sur les performances que sur la qualité des allures au trot. Equibiogènes a repris ces données publiques issues du programme Génotrot pour travailler sur la création d’index "génétiques" simples à utiliser pour chaque éleveur. Nous avons recensés quels étaient les gènes favorables à certaines aptitudes comme le trot ou la précocité. À partir de ces données sur les effets des différents marqueurs génétiques, nous avons créé un algorithme qui crée cinq index qui vont donner des valeurs potentielles d’aptitude au trot en compétition. Nous avons finalement conçu une interface appliquée des recherches actuelles sur la génomique dans une finalité d’aide à la sélection.

Les 5 index d'Equibiogènes

Le contexte : tout part du gène DMRT3
En 2012, une équipe de recherche suédoise a découvert l'existence d'un gène ayant un effet majeur sur les allures, le gène DMRT3, sur le chromosome 23. Dans le Standardbred américain, la mutation qui consiste en un remplacement de la cytosine (C) par l'adénine (A) de ce gène est fixée. Ainsi le génotype à DMRT3 de tous les Standardbred américains est AA. Cependant, dans d'autres races de trotteurs, il y a toujours un polymorphisme. C’est le cas pour le Trotteur Français pour lequel la fréquence de l'allèle A a été estimée à 76 %. Il existe donc des Trotteurs Français dont le génotype à DMRT3 est CA ou CC.
L'effet positif de l'allèle A sur les performances en course n'a pas toujours été démontré dans toutes les races de trotteurs. L'effet dépend de la nature de la performance de course mesurée (par exemple, précoce ou non) et de l'association de A avec C (cas d’un génotype hétérozygote). Pour le Trotteur Français, la stratégie de sélection pour augmenter la fréquence de l'allèle A n'est pas simple car il a été constaté dans une étude réalisée précédemment par l’INRAE et LeTrot que le génotype AC avait des gains plus élevés par course terminée après l'âge de 4 ans (propos d'Anne Ricard).

Vous pouvez détailler ?
Il y a un index qui propose une valeur globale que nous désignons d’index Equibiogènes. Le même index sous sa désignation Equibiogènes+ intègre le BTR. Nous proposons un index au trot monté qui donne l’aptitude d’un cheval au trot monté. On a trouvé trois à quatre gènes importants que l’on retrouve chez les chevaux qui ont réussi au trot monté. Il y a aussi un index précocité et un index qualité des allures. Ce dernier index est plus précis que le test SynchroGait qui reste attaché au gène DMRT3 avec des chevaux AA ou CA (lire la présentation du gène DMRT3 ci-dessus). On peut par exemple avoir des chevaux CA fautifs en prenant le galop ou des chevaux AA fautifs en passant à l’amble.

Votre site se veut particulièrement visuel avec des schémas très pédagogiques.
Notre volonté est de proposer une offre claire et synthétique pour les éleveurs, propriétaires, investisseurs et entraîneurs pour connaître les qualités génétiques de leurs sujets sous formes d’index faciles à lire et à comprendre. C’est aussi tout l’enjeu de notre travail, de doubler nos services d’une dimension de vulgarisation. Nous voulions que nos clients disposent de services visuels immédiatement parlants. Tout cela est bien au service d’une décision, lors d’un achat ou d’un choix de croisement.

Pouvez-vous nous proposer des exemples concrets d’utilisation de vos index ?
On peut avoir un cheval acheté à petit prix avec un pedigree modeste mais qui aura bénéficié de l’ensemble des gênes favorables de ses parents. Il peut avoir un potentiel d’aptitudes intéressant pour performer. Dans le même esprit, on pourra déterminer si un produit issu de deux champions classiques aura bénéficié ou non des gènes favorables de ses deux parents, quand bien même ils étaient exceptionnels.

C’est une démarche personnelle de chacun en relation avec un cheval ?
Tout à fait. Nos résultats appartiennent à nos clients et il n’y a pas de communication publique des index. Cependant, dans une logique de filière, on pourrait en revanche s’interroger pour savoir si, à l'avenir, les maisons mères ne devraient pas encadrer l'accès à ces données pour éventuellement les généraliser.

Comment mettriez-vous en perspectives ces nouveaux outils/services que vous proposez ?
D’abord, je veux tordre le cou à une critique que j’entends souvent. On n’est pas ici dans le déterminisme génétique ou ce qu’on pourrait appeler l’eugénisme. Le capital génétique représente 35 % du résultat final de la performance d’un cheval. Les 65 % restants sont les façons dont il a été nourri, élevé, géré au quotidien, entraîné, drivé en course, etc. C’est ce qu’on appelle "l’effet "milieu". C’est une règle génétique qui est aujourd’hui partagée partout en élevage. Le capital génétique est en quelque sorte un socle ou un potentiel. S’il est solide, on a une probabilité d’aptitudes élevée. C’est son exploitation par le travail qui fera la différence. Si ce capital génétique est faible à la base, on pourra tout faire autour, on ne pourra aller très loin. C’est le "vieux" débat entre l’inné et l’acquis. L’inné, de l’ordre de 35 %, est transmissible par la génétique et l’acquis se caractérise par l’élevage et toutes les actions qui construisent chaque cheval. En conclusion, notre package d'index permet à chaque éleveur, propriétaire et investisseur de bien visualiser et identifier le réel potentiel de ses chevaux.

Toutes informations sur le site d'Equibiogènes :
equibiogenes.com

La représentation de l'inné et l'acquis sur le site d'Equibiogènes

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